Untuk melarikan diri daripada pemburu Pokémon yang tamak, Celebi mesti menggunakan tenaga terakhirnya untuk mengembara melalui masa hingga ke hari ini. Celebi membawa bersama Sammy, seorang budak lelaki yang telah cuba melindunginya. Bersama-sama dengan Ash, Pikachu, dan ahli geng yang lain, Sammy dan Celebi mesti menghadapi musuh yang jauh lebih maju daripada pemburu, dengan nasib hutan tergantung dalam keseimbangan.