Falling Skies prasideda po chaotiško pošakos, kai alienų puolimas paliko didžiąją pasaulio dalį visiškai neįgalų. Po šešių mėnesių nuo pirmojo invazijos, keli išlikę susirinko už didžiųjų miestų, kad pradėtų sunkų kovos užmegztinimo uždavinį. Kiekviena diena yra išgyvenimo bandymas, piliečių kariai saugo žmones, kuriuos jie rūpinasi, tuo pačiu metu dalyvaujant prieš okupantų alienų jėgų sukilimo kampanijoje.