Istorija prasideda Oksforde, į katedrą panašiame universitete, kuris yra be galo įtakingas ir nuolatos prižiūrimas represinės teokratijos, turinčios nemažai panašumų su Romos katalikų bažnyčia, vadinamos „Magisterium“. Lyra, mokslininkų užauginta kaip pamestinukė, gyvena tokiame paraleliniame pasaulyje, kuriame karaliauja mokslas, teologija bei magija. Lyra be jokio supratimo apie ją supančiame pasaulyje vykstančius politinius bei religinius nesusipratimus kasdien klaidžioja universiteto koridoriais ir miesto stogais, kol vieną dieną pasirodo vyras, kurį ji pažįsta kaip savo dėdę Asrielį. Jis pradeda įrodinėti apie kitos visatos atradimą. Vėliau, beieškodama savo dingusio draugo Lyra atskleidžia piktavališką sąmokslą, susijusį su vaikų grobimu ir leidžiasi į žygį, kad suprastų paslaptingą fenomeną, vadinamą Dulkėmis. Kelionėje prie jos prisijungia berniukas vardu Vilas, turintis peilį, galintį tarp pasaulių išpjauti langus.