Veiksmas vyksta elfų pasaulyje 1 200 metų iki „Raganiaus“ pasaulio. „Raganius: kilmė“ pasakoja istoriją, kurią laikas jau pamiršęs - apie pirmojo Raganiaus prototipo sukūrimą bei įvykius, kurie veda prie lemiamo „sferų susidūrimo“, kurio metu monstrų, žmonių ir elfų pasauliai susiliejo į vieną.