Praėjus dvejiems metams po to, kai keturi bebaimiai kovotojai Mikelandželas, Donatelas, Leonardas ir Rafaelis nugalėjo piktadarį Šrėderį ir atnešė taiką bei ramybę Niujorkui, įtampa mieste vėl ima didėti. Užuosdami kažką negero, vėžliukai ima aiškintis situaciją ir atranda, kad Šrėderis sugrįžo. Tik dabar jo planas nukreiptas būtent prieš jį nugalėjusius didvyrius. Su genetikos mokslininko Baksterio Stokmano pagalba Šrėderis ima kurti savo mutantų armiją.