서력 5012년. 갑자기 지구로 날아온 '외계인'과 그들이 만들어 낸 '기계 생명체'의 침략으로 인류는 괴멸의 위기에 빠졌다. 달로 도망간 얼마 안 되는 인류는 지구를 탈환하기 위해 '안드로이드' 병사를 이용해 반격 작전을 개시했다. 하지만 무한히 증식하는 '기계 생명체' 앞에서 싸움은 교착 상태에 빠졌다. 이에 인류는 최종병기로 신형 안드로이드 '요르하 부대'를 지구에 파견했고, 새롭게 지구에 파견된 '2B'는 한발 앞서 지구에 와 있는 조사원 '9S'와 합류해 임무에 임했다. 하지만 그 과정에서 그들은 수많은 불가사의한 현상과 조우했고... 이건 인류를 위해 계속 싸워 나가는, 생명이 없는 '안드로이드'의 이야기.