모든 게 완벽하게 제어되는 도시 NO.6. NO.6 속에서 화초처럼 자란 초엘리트 소년 시온과 쓰레기 더미 서쪽 구역에서 살아가는 소년 네즈미. 2013년 9월 7일, 신성 도시 NO.6에 강렬한 태풍이 직격한 그날 밤. 총상을 입은 네즈미가 시온 앞에 나타난다. 그로부터 4년이 지난 어느 날, 시온의 눈앞에서 멀쩡한 남자가 갑자기 온몸이 경직되고 늙어서 죽은 해괴한 살인 사건이 일어난다. 현장에 들이닥친 치안국 조사원들은 그 자리에서 시온을 사건 용의자로 긴급 체포하는데……. NO.6 내부에서 일어나는 조용하고도 은밀한 음모가 서서히 그 모습을 드러내려고 한다.