유대인 에릭과 유전공학 박사가 된 찰스는 각기 다른 이유로 악당 세바스찬 쇼우를 쫓다가 만난다. CIA 요원 모이라 맥타것과 손잡고 돌연변이 부서를 설립한 두 사람은 찰스의 양동생이자 이후에 미스틱이 되는 레이븐k 천재 박사이자 비스트로 변신하는 행크 맥코이 등 젊은 엑스맨들을 모아서 훈련을 시작한다. 한편 에릭의 원수인 세바스찬 쇼우는 엠마 프로스트를 비롯한 돌연변이들을 무기로 미국과 소비에트간의 핵전쟁을 도발하려 한다.