일본 전역에서 정체불명의 괴수가 잇따라 출현하자 정부는 이들을 ‘화위수’라 명명하고 대응팀 ‘화특대’를 신설한다. ‘화위수’에 의한 국가적 위기가 임박해진 와중, 돌연 은빛의 거인이 나타나 ‘화위수’를 퇴치한다. 거인의 정체를 알아내기 위해 투입된 분석관 ‘아사미’는 그것에 ‘울트라맨’이라는 이름을 붙인다. 며칠 후, 이번에는 외성인에 의해 다시 위기에 빠진 ‘화특대’. 그 때, 어디선가 ‘울트라맨’이 나타나 ‘화특대’ 기지를 파괴하고 그를 아군이라 생각했던 인간들은 혼란에 빠지는데…