를르슈의 죽음 그 이후, 스자쿠가 ‘제로’로서 살아가는 세계는 재편성된 초합중국을 중심으로 안정되어 평화로운 나날의 연속인 듯하다. 그러던 어느 날, 나나리와 함께 난민 캠프 위문을 간 스자쿠는 의문의 나이트메어 프레임에 급습당하고 두 사람은 납치되기에 이른다. 갑작스레 깨져버린 평화에 슈나이젤은 카렌, 로이드, 사요코에게 전사의 나라 지르크스탄 왕국으로 잠입 명령을 내린다. 그곳에서 세 사람은 C.C.와 재회하지만 이내 정체 모를 기아스 사용자에게 공격받는데…