人間を捕食する妖魔が巣食う世界。妖魔に対抗すべく、人間は妖魔の血肉をその身体に取り入れた半人半妖の女性戦士を生み出した。 銀色の瞳と巨大な剣を持つ彼女たちは、その大剣の名から“クレイモア”と呼ばれる。“クレイモア”の一人であるクレアは、かつて少女の頃、テレサと名乗る最強のクレイモアと出会う。クレアを救うため、クレイモアの鉄の掟を破り、人間を殺めてしまうテレサ。掟を破ったテレサは、討伐隊に追われる身となる。そして、妖力の暴走を止められずに「覚醒者」となった討伐隊の一員・プリシラの強大な力の前に、テレサは破れ、殺されてしまう…。テレサの敵を討つため、クレアはテレサの血肉を受け継ぎ、自らクレイモアとなる道を選ぶ。クレアの闘いは、ここから始まるのだった・・・。