世界経済を支配する秘密結社「クロノス」の荒事専門部隊「時の番人（クロノ・ナンバーズ）」XIII番目のイレイザー、トレイン＝ハートネット。特殊金属オリハルコン製の装飾銃ハーディスを持ち、裏の世界では「ブラックキャット」と呼ばれ恐れられていた。 しかしサヤという掃除屋の少女との出会いをきっかけに、「自由な生き方」と新たな目的を達成するため、クロノスを抜ける。元国際捜査官のスヴェン、ナノテクによるトランス能力を持つイヴ、女盗賊リンスたちと行動をともにするうちに、更に彼の心に変化が訪れる。 一方で、トレインを親友と信じ執拗に追いかける元クロノスのクリード。彼は、「道（タオ）」と呼ばれる特殊戦闘能力を得て、革命集団「星の使徒」を率い世界支配をもくろむ。革命にはトレインの力が必要とさらに迫るが、現れたのは過去に恐れていた彼ではなかった。その変化に憤るクリードと、大切な人を傷つけられ、怒りに燃えるトレインが激しくぶつかりあう。 二人を中心に、「クロノス」、「星の使徒」、「掃除屋」の思惑がぶつかり合い、壮絶なバトルに展開する。 仲間、信頼、愛情、を感じた末に、トレインの想う自由の行く手はいかに!?