磁力兵器を使った最終戦争が起こり、地球の地軸は狂い地震や大津波が襲って来て、長い間栄えてきた文明はいっぺんに崩れ、世界中のほとんどの人間は死んでしまいます。物語はそれから20年後の孤島で始まります。コナンがおじいと二人で暮らしていたところへ、一人の少女が流れ着きます。それまで地球で生き残っていたのは自分たちだけだと思っていたので大喜びしますが、そこへ科学都市インダストリアからモンスリーたちがやって来て少女ラナを連れ去ります。その時の争いでおじいは亡くなってしまいました。悲しみを乗り越え、コナンはラナを救うため旅立ちます！