全人類が、謎の現象により一瞬で石化して数千年――。超人的な頭脳を持つ、根っからの科学少年・千空が目覚める。「石器時代から現代文明まで、科学史200万年を駆け上がってやる！」。絶体絶命の状況で、千空は仲間を探し、世界を取り戻すことを決意する！