過去1世紀に渡り、数千人が失踪。そして不可解にも、その消えた4400人全員が、突然、当時と同じ姿のままで戻ってくる。世界を変えるほどのこの出来事が何を意味するのか、政府は事件の全貌を知るため、“4400”がどこへ行き、なぜ戻ってきたのかを調べていく。そしてまもなく、誰も予想だにしなかった形で、彼らが人類に変化をもたらすことが明らかとなる。