人体に寄生する菌類による感染症が発生。パンデミックから20年が経ち文明崩壊したアメリカでは、生存者による勢力争いが起こっていた。生存者の1人・ジョエルは、「ファイアフライ」の指導者・マーリーンから、身元不明の少女・エリーを隔離地域から脱出させる運び屋を任される。はじめは小さな仕事だったが、やがて壮絶な旅へ発展していき、2人は生き残りを懸け感染者がはびこるアメリカ全土を横断することに…。