宇宙世紀が終焉し、新たな時代、リギルド・センチュリー(R.C.)を迎えた。R.C.1014年。地球と宇宙を繋ぐ軌道エレベータ“キャピタル・タワー”を守護するキャピタル・ガード候補生のベルリは初めての実習中、謎のモビルスーツ・G-セルフの襲撃を受ける。G-セルフの捕獲に成功したベルリはG-セルフと操縦者アイーダ・レイハントンを名乗る宇宙海賊の少女に何かを感じる。宇宙海賊とアイーダの目的、G-セルフに選ばれたベルリが辿る運命、その果てに待ち受けるリギルド・センチュリー全体を揺るがす真相とは…。