サトシとゴウはリサーチフェローの任務でシンオウ地方を訪れ、ミオ図書館で行われるフェスに参加する。そのフェスの会場でサトシとゴウはヒカリ・ポッチャマ・シロナと再会。そんなとき、ギンガ団の残党が、密かにヒードランを捕獲し、暗躍を始める。幻のポケモン・アルセウスの力の一部といわれるプレートを使い、ギンガ団が開始した実験により、シンオウ地方全体に異変が起き始める。そのとき、プレートの強力な力により、ヒードランが恐ろしい姿へと変貌してしまう。異変に気づいたサトシとゴウたちは、伝説のポケモン・ユクシー・アグノム・エムリットの導きで事件を解決しようとする。サトシたちはギンガ団を発見し、暴走したヒードランを助けようと壮絶なバトルを繰り広げる。しかし、みたこともない姿となったヒードランにサトシたちは大ピンチに陥る。そこへついに幻のポケモン・アルセウスが降臨するのだった。