多くの人々を虜にする怪しい新興宗教教団。その教祖が隠し持つという秘宝を狙い、教団本部に侵入した世紀の大泥棒ルパン三世は、そこで女盗賊の峰不二子と運命的な出会いをする。やがてガンマンの次元大介や殺し屋の石川五ェ門、また凄腕の刑事である銭形を巻き込み、二人の危険な駆け引きが繰り広げられることになる。