忍者は今も日本に存在している。その数、およそ20万。『ＮＩＮ（National Intelligence of NINJA）』と呼ばれる忍者組織は国家によるシビリアンコントロールを受けず、その精鋭達は極秘裏に暗殺や破壊活動に従事していた。そして、『ＮＩＮ』と敵対するもうひとつの忍者組織、『ＵＮ（アンダーニンジャ）』。忍者と忍者――暗闘の果てに待ち受ける結末とは？そして、戦いの最前線に投入された雲隠九郎たち下忍の運命は？