黒いジャージにスカーフ姿の“夜ト”は、祀られる社の一つもない貧乏でマイナーな神様。自分の社を築くべく、自分の携帯番号を街なかやトイレの壁に書き込み、賽銭〈5円〉で人助けをする、自称“デリバリーゴッド”である。良家の令嬢・壱岐ひよりは、交通事故に遭いそうになった夜トを助けようとして、代わりに自分が交通事故に巻き込まれてしまう。それがきっかけで“半妖（魂が抜けやすい体質）”となったひよりは、その体質を治してもらうために夜トを追いかけ、次第に行動を共にするようになる。さらに、夜トに拾われ、神様が使う道具“神器”となった少年“雪音”も仲間に加わり、人間に害を与える“妖”と戦いを繰り広げる一方で、夜トの秘められた過去が紐とかれていく。