冷凍睡眠のまま宇宙を漂流していたリプリーは奇跡的に宇宙船に救出される。地球に戻った彼女は貨物船で起こったエイリアンによる恐ろしい出来事を語る。リプリーが漂流していた間にエイリアンを発見した小惑星は地球の殖民惑星となっていた事を知りエイリアン殲滅を訴える。しかしエイリアンを兵器として利用したい企業に拒まれてしまう。その時小惑星より連絡が途絶えたことからアメリカ海兵隊が住民救出に向かうが同乗したリプリーの話をまともに聞かなかった兵士達だが、凶悪生命体エイリアンを目の当たりにし一気に追い詰められてゆく。