主人公ジョニー・リコは、高校卒業後地球連邦軍に入隊して宇宙戦艦のパイロットを志望するカルメン・イバネスに憧れ、両親の反対を押し切って軍に入隊。優秀なカルメンは艦隊アカデミーへ、超能力者の友人・カールは情報部へ配属されるが、リコは機動歩兵隊へ配属され、訓練キャンプでしごかれる日々を送る。訓練中、自らの判断ミスにより同期一人を殉職させる事故を起こしたことで、一旦は軍隊をあきらめようとしたリコだったが、奇襲攻撃で故郷ブエノスアイレスが壊滅したため機動歩兵に復帰し、宇宙での戦いに加わる。