前作で100万もの兵を率いてギリシャ侵攻を図るペルシャ帝国を相手に、300人の精鋭と共に戦いを繰り広げた果てに命を落としたスパルタのレオニダス王。今回の物語は灼熱の門で全滅したレオニダス達と同じ時間の別の戦い、エーゲ海での海戦を軸にしている。 アテナイのテミストクレス将軍は、パン屋、陶工、詩人といった一般市民から成るギリシャ連合軍を率いてペルシャ帝国海軍に立ち向かっていく。 ペルシャ帝国の海軍指揮官アルテミシアらと拮抗する中、ついに大海原を舞台にした最終決戦を迎えることに。