西暦2199年。地球は謎の異星人ガミラスの攻撃で滅亡の危機に瀕する。残された人類は地下都市でガミラスの攻撃に耐えていたが、予想される人類の滅亡まであと1年。そんな人類へ遠い宇宙のイスカンダル星からメッセージが。そこには人類を遠宇宙に導く波動エンジンの設計図とイスカンダル星の正確な座標が。地球防衛軍はイスカンダル星の住民から放射能除去装置を受け取るべく最後の希望、宇宙戦艦ヤマトを旅立たせる。