500年後の未来。無法の宇宙には同盟による統一化の波が押し寄せようとしていた。同盟に反抗する退役軍人マルコムが船長を務めるセレニティー号は、必要とあらば強盗もいとわない何でも屋。個性豊かなクルーに混じり、乗客として医師のサイモンと妹リヴァーがいるが、実はこの兄妹は同盟からの逃亡者であり、リヴァーこそ同盟によって最強の戦闘兵器に改造されていた最終兵器だった。同盟の暗殺者による追跡に、対抗勢力である“リーヴァーズ”も絡み合い、熾烈な駆け引きを展開していく。