Quattro tartarughe cadono nelle fogne e fanno amicizia con Hamato Yoshi un giapponese mandato a New York che è stato costretto a vivere nelle fogne. Un giorno vede uno strano bagliore verde che trasforma le quattro tartarughe in creature simili agli umani. Hamato (ora Maestro Splinter) si trasforma in un ratto gigante dal bagliore verde e insegna alle tartarughe le abilità del ninja mentre fanno squadra con la giornalista April O'Neil per combattere contro l'arcinemico di Yoshi, Shredder e Krang, un signore della guerra alieno della Dimensione X.