Uryu Kamihate è uno studente delle superiori che spera di iscriversi alla facoltà di medicina dell'Università di Kyoto. Dopo essere stato accolto dal sacerdote capo del Santuario di Amagami, gli viene detto che deve sposare una delle tre fanciulle - Yae, Yuna o Asahi - per vivere e un giorno ereditare il Santuario di Amagami. Kamihate dovrà far innamorare una delle fanciulle in questa storia di romanticismo, amicizia e divertimento.