La storia si svolge nella futuristica città di Neo Tokyo-3 a distanza di quindici anni da una catastrofe di impatto planetario nota come Second Impact e si incentra su Shinji Ikari, un ragazzo che viene reclutato dall'organizzazione paramilitare Nerv per pilotare un mecha gigante chiamato Evangelion e combattere in questo modo i nemici dell'umanità conosciuti come Angeli. Nel corso degli eventi vengono presentati anche altri piloti di Evangelion e il personale di Nerv.