La storia narra di un samurai senza nome, in possesso di una spada benedetta in grado di dissipare il male. Un giorno sulla sua terra arriva Aku, un demone nero, figlio del Male Puro. Aku possiede potenti poteri magici e porta corruzione, morte e distruzione sulla terra. Il samurai, che possiede l'unica arma in grado di distruggere il potentissimo essere, si fa avanti per annientarlo e così il mostro, impotente contro la spada, poco prima di essere distrutto, spinge il guerriero in un vortice spazio-temporale che lo invia nel futuro, in un mondo ridotto a una distopia, abitata da creature stravaganti. In questo grottesco mondo futuristico Aku è ancora più potente e domina su ogni angolo del pianeta, imponendo a tutti la sua crudeltà. Nel corso dei diversi episodi della serie Samurai Jack vaga per la terra cercando di sfuggire ai cacciatori di taglie e di trovare un varco temporale che lo riporti al momento in cui Aku era meno potente e stava per essere sconfitto.