Racconta le avventure di Nadia, una giovane acrobata del circo ignara delle sue origini, e Jean, un ragazzo francese con la passione per l'ingegneria, che si ritrovano a bordo del sottomarino Nautilus coinvolti nello scontro tra il misterioso capitano Nemo e l'organizzazione di Neo Atlantide guidata da Gargoyle, che punta a dominare il mondo.