Jirô adalah seorang pemuda yang memiliki kemampuan berbicara dengan hewan. Dibersarkan oleh kakeknya dan dilatih sebagai ninja, ia dijauhi oleh orang-orang karena perbedaannya. Ia menemukan ketenangan di antara hewan dan berusaha melindungi mereka. Suatu hari, ia menyelamatkan Ragô, seekor kucing hitam yang terluka, tetapi kemudian mengetahui bahwa itu bukan kucing biasa, melainkan mononoke, roh yang diburu oleh sebuah organisasi misterius. Tanpa ragu, Jirô memutuskan untuk membantunya.