מאז התרחשות "המכה השנייה", אירוע איום שהשמיד חלק נכבד מאכלוסיית כדור הארץ, עברו 15 שנה. כעת, בשנת 2015, נקרא היקארי שינג'י להגן על טוקיו 3 ועל העולם כולו מפני "מלאכים", חוצנים מסתוריים המתקיפים במרווחים ההולכים ומתקצרים. על מנת להילחם בהם צריך שינג'י, נער יפני בן 14, להצטרף לחברת 'נרב', שמטרתה היא להגן על העולם ולמנוע פגיעה שלישית העלולה להביא לסוף האנושות כולה באמצעות לחימה במלאכים בעזרת רובוטים ענקיים המכונים בשם "אוונגליון", שפותחו על מנת להגן על האנושות ובהם יכולים לטוס רק מספר מצומצם של בני נוער נבחרים.