מתחפשים לבני אדם, ההומונקולים מאכלסים את העולם כדי לטרוף את האוכלוסייה התמימה. נוצרו לפני זמן רב על ידי אלכימאים מאירופה, קשה לחסל את ההומונקולים ללא נשק הידוע בשם Kurogane. כל קורוגן מעוצב באופן ייחודי בהתאם לאינסטינקטים של המפעיל שלו, לובש צורה של יכולות מיוחדות הנקראות Busou Renkin. בעודו הולך הביתה מבית הספר יום אחד, קזוקי מוטו מבחין בילדה חסרת הגנה מותקפת על ידי הומונקלוס. אבל כשהוא מנסה להתערב, הבחורה בסופו של דבר מצילה את חייו של קזוקי במקום זאת, מנפצת את השקפת עולמו הבורה. הנערה מציגה את עצמה כ-Tokiko Tsumura, וקזוקי מגלה במהרה שהיא השתלה בתוכו בטעות קורוגן. כעת נגרר ללא כוונה למאבק בהומונקולים, קאזוקי חייב לוותר על חיי הפנאי הקודמים שלו כדי להגן על היקרים לו.