בעולם בדיוני, יפן נכבשה על ידי מין חייזרים בשם אמאנטו. עידן הסמוראים נפל, והעולם הפך להיות טכנולוגי, מושחת ובעיקר מוזר. אותם סמוראים נמצאים תחת איסור שימוש בחרבות, ותחת השפלה ובושה. הסיפור עוקב אחרי סאקאטה גינטוקי, סמוראי לשעבר עם עבר מסתורי ואפל. גינטוקי וחבריו (או יותר נכון לומר- עובדיו) שימורה שינפאצ'י וקאגורה עובדים בעבודות מוזרות ומשונות ברחבי יפן כדי להשיג את הכסף אליו הם כל כך משתוקקים. תהיו בטוחים שהם יכנסו להמון צרות ושטויות, והרוב יהיה באשמתם...