סילי בות' הוא חוקר אף-בי-איי העובד יחד עם ד"ר טמפרנס ברנן, המכונה "בונז" (עצמות) עקב עיסוקה באנתרופולוגיה. ברנן היא מומחית המסוגלת לדעת פרטים רבים על הקורבנות מהסתכלות על עצמותיהם בלבד. עימם בצוות נמצאת חברתה הטובה אנג'לה מונטנגרו, שפיתחה מערכת חדשנית המדמה בתלת מימד את הקורבנות לאחר סריקת עצמותיהם. במרכז הסדרה עומדים בות' ו-"בונז" וכרגיל, מערכת יחסים של שותפים ששונאים-אוהבים אחד את השני, עקיצות הדדיות וכדומה.
בונז ובות' חוקרים את שרידי גופתה של נשואה טרייה שהיתה בהריון בעת מותה, ושהיעלמותה הפתאומית עשתה כותרות ברחבי המדינה. בות' כועס כשחברתו לשעבר נותנת לבנו לבלות עם בן זוגה החדש.
גופת ילד צעיר מתגלה כשמשאית זבל מתהפכת על מקומה. ילדה ממשפחת אומנה הופכת החשודה המרכזית בפרשה, ואז כולם מאשימים את המערכת ומצליחים להרגיז את בונז, שגדלה בעצמה בתוך משפחות אומנה.
בונז ובות' בוחנים שרידי ילדה שכנראה נרצחה בידי רוצח סדרתי שכבר נתפס. סימנים על הגופה מצביעים על הקורבן הבא, והצוות יוצא למרוץ נגד הזמן למנוע את הפגיעה הנוספת.
הצוות עולה על עקבות רוצח שקובר את קורבנותיו לפני שהוא מבקש כופר. במהלך החקירה, בונז ועמיתה לעבודה הופכים בעצמם לקורבנות שלו ונאלצים לפתור את המקרה מתוך קבר תת-קרקעי.
בונז חוקרת את מקרה מותו של סטודנט לקולנוע, שצילם סרט דוקו' על מכשפה ללא ראש. במהלך החקירה היא נקשרת לאחי הקורבן. בות' ובונז דנים בעירוב שנוצר בין החיים האישיים והמקצועיים.
בות' ובונז נקראים לזירה כשגופת אדם במצב מזעזע נמצאת תלויה על גג בניין. הראיות בשטח קושרות את המקרה לפרשה אחרת לפני יותר מ-30 שנה, שאביה של בונז היה מעורב בה.
בות' ובונז מגלים שרוצח סדרתי ברח מהכלא. הוא מבקש לנקום באופן שיכול לסכן את בנו הצעיר של בות' וגם את בונז עצמה, הזקוקה להגנת האף-בי-איי. חיי קאם בסכנה אחרי שאיפת רעל במעבדה.
רב המכר שחיברה בונז מעורר מהומה, כשנמצאות שלוש גופות ומסתבר שהמתים נרצחו בדומה לתיאורי הרצח בספרה. בונז חוששת שהמדובר בשלושה רוצחים שונים, מה שמסבך מאוד את החקירה.
שלד נמצא מוסתר בתוך בטון. בות' ובונז פותחים בחקירה ומסתבכים עם ראש משפחת הפשע בעיר. כאשר בות' נחטף, בונז נאלצת לעשות את הבלתי ייאמן על מנת להציל את חייו, וגם את חייה.
גופת אדם נמצאת אחרי נפילה מסתורית מהשמיים. בות' ובונז מנסים לגלות מי האיש, ואילו הודג'ינס מפתח תיאוריות על חייזרים. כאשר זהות המת מתגלה, נפתחת פרשת רצח שקשורה לאסטרונאוטים.
בפרק האחרון לעונה, בונז מסתבכת בחקירת גופה של אישה צעירה הנמצאת בעגלת קניות, משום שהעצמות מזוהות בטעות כעצמות אישה בת 80. אביה של בונז מופיע ובפיו מידע חדש על עברה.
