זה היה בוקר רגיל. אקירה שירויאנאגי, תלמיד תיכון שאוהב משחקים וקונפייטו (ממתקים יפניים), נגרר לפתע לשדה קרב על ידי בחורה מסתורית המכנה את עצמה מיון. למשתתפים נאמר כי הם "נמחקו מהמרשם המשפחתי, מעורבים בניסוי וצברו כוחות מסוימים". אקירה נחוש לנצח את המשחק בכוחותיו החדשים ולהשמיד את הארגון. חמוש בכוח שאיש אינו מצפה לו וכישורי ה"מוח "שלו, מתחילה תקופת המאבק המודיעיני החדשה!