לאחר שהאמינו שנכחדו, הנינג'ות הופיעו מחדש ביפן של ימינו לאחר מלחמת האוקיינוס השקט. על פי השמועות, מספר האנשים עומד על מאתיים אלף, והמתנקשים הקטלניים הללו מופקדים כעת על מבצעים חשאיים, תוך שהם מסתננים לחלק ניכר מהמוסדות הציבוריים והפרטיים של המדינה. בין הנינג'ות הללו נמצא קורו קומוגקורה, שלעתים קרובות מבלה את ימיו בדירה מוזנחת ללא מוטיבציה לעשות הרבה מכלום. יש שיראו בו נווד חסר תועלת שאינו עושה דבר מלבד לגנוב בירה משכנו. עם זאת, המפסיד בן ה-17 עשוי למעשה להיות מסוכן יותר ממה שהתנהגותו מרמזת. הפוטנציאל החבוי של קורו עומד למבחן כאשר ניתנת לו משימה חדשה להסתנן לבית ספר תיכון מקומי, אבל יש במשימה הזו יותר ממה שהוא יכול היה אי פעם לחזות.