לפני מותו, ידיד וותיק של ספלינטר מבקש מבתו המאומצת - ונוס, להצטרף לצבי הנינג'ה אשר התבגרו כדי להציל את האנושות מפני דרקון-לורד, שהשתחרר מארץ החלומות ומתכוון לשלוט בעולם. הבת היא למעשה אחת מהצבים שנפלו לתוך הבריכה החומצתית, אך הגיעה לשנחאי. ליאונרדו, רפאל, מיכאלאנג'לו, דונטלו וספלינטר מתאחדים עם ונוס ונלחמים יחד באויביהם החדשים דרקון-לוד, עוזרו ויק, בון-סטיל, דוקטור קוויז והאויב הוותיק, שרדר.