שנתיים אחרי שקלאוד וחבריו הצילו את העולם מידיו של ספירות', אזרחי הכוכב מתחילים לסבול ממחלה מוזרה, שנקראת "סיקון שוקוגון", או "גאוסטיגמה". הם מאמינים שהסיבה למחלה היא הגופות שנלחמו איתם והוחדרו אליהם שנתיים מוקדם יותר, בסוף "פיינל פנטזי 7". האשמה בליבו ורדוף מעברו, החייל לשעבר קלאוד סטרייפ מחליט לעזוב, להתבודד, ולחיות את חייו רחוק מכל חבריו, כאשר הוא ממשיך ב"שירות המשלוחים של סטרייפ", שהמטה שלה נמצא בר של טיפה לוקהארט, "גן העדן השביעי". הבר של טיפה משרת כבית יתומים לילדים שנגועים במחלה "גאוסטיגמה". טיפה שומרת על ביתו בת ה-6 של בארט, מרלין, כאשר הוא סורק את הפלנטה בכדי למצוא אנרגיה חלופית, במקום מאקו. יום אחד קלאוד מקבל טלפון מנשיא שינרה לשעבר, רופוס, המבקש ממנו עזרה והגנה מאדם מסתורי בשם קאדג'. בנתיים קאדג' ושני אחיו לוז ויאזו מחפשים אחרי "אימם", ג'נובה, והם מאמינים שקלאוד יודע איפה למצוא אותה, והם בדרך אליו. באותו זמן ווינסט משוטט בכוכב ואוסף חומר על קאדג' ותוכניתו, וקלאוד וחבריו חייבים להתאחד שוב בכדי להלחם באוייבים החדשים.