Au XXIVe siècle, le capitaine Benjamin Sisko assure le commandement de la station spatiale Deep Space Nine. Initialement en orbite autour de la planète Bajor, récemment occupée par les Cardassiens, cette station est déplacée à proximité d'un trou de ver artificiel découvert par Sisko et occupé par des entités intemporelles. Ce vortex permet de voyager entre le Quadrant Alpha et le Quadrant Gamma encore inexploré. Deep Space Nine a pour mission d'administrer ce secteur de la galaxie devenu un important centre économique et politique.