Teddy, un jeune garçon témoin de l'assassinat de sa mère par le Comte de Fer, rencontre Marina, une mystérieuse jeune femme qui lui offre un billet pour le Galaxy Express 999. Ce train traverse les galaxies, et les conduira vers Rahmetal, une planète où la robotisation des humains est possible, devenant ainsi un moyen d'atteindre l'immortalité…