À l’aube de la Seconde Guerre mondiale, pendant l’automne 1937, le lieutenant-colonel Yûki de l’armée impériale met en place dans le plus grand secret l’Agence D, un organisme formant des espions. Contrairement aux jeunes hommes qui intègrent l’armée dans un esprit nationaliste, les personnes recrutées sont des universitaires diplômés qui passent les difficiles tests de sélection avec brio. Ils sont formés à manier les explosifs, les communications sans fil, à conduire des véhicules ou des avions, et surtout à recueillir de précieuses informations.