Brotherhood se déroule dans le monde d'Eos, pendant les événements de Final Fantasy XV. Le royaume de Lucis, sous la protection du Cristal, est en guerre contre l'empire de Niflheim, qui domine une grande partie du monde. Un traité de paix doit être signé entre Lucis et Niflheim, scellé par l’union du prince Noctis, héritier du Lucis, et Lunafreya Nox Fleuret, oracle du Niflheim. Noctis part pour son mariage accompagné de ses amis proches : son garde du corps Gladiolus, son majordome Ignis, et Prompto. Au cours du trajet, Niflheim trahit le Lucis et Noctis est désormais traqué par les soldats mécaniques de l'empire.