Les agents de l’unité du FBI basée à New York mettent à contribution leurs talents, leur intelligence et leur expertise technique afin d’assurer la sécurité des citoyens de la ville et du pays.
L’assassinat d’un plombier apparemment ordinaire de Brooklyn lance l’équipe dans une enquête à l’échelle mondiale qui froisse la CIA. Pendant ce temps, Tiffany a du mal à reprendre le travail de terrain après l’affaire Hakim.
L’équipe enquête sur le meurtre d’un couple de banlieue, toutes les preuves médico-légales pointant vers l’ancien propriétaire de la maison, actuellement en prison fédérale pour dix ans. Pendant ce temps, OA retrouve un ancien camarade militaire, et Scola tente d’accueillir un nouveau partenaire.
Après une série d’attentats ciblés à la bombe dans le Queens, l’équipe redoute une guerre des gangs à l’échelle de la ville – jusqu’à ce qu’un renseignement provenant d’un vieil ami d’armée d’OA, Clay, les oriente vers un adversaire inattendu et puissant. Pendant ce temps, Scola peine toujours à trouver un nouveau partenaire.
Lorsque la sœur de Sydney Ortiz, profileuse du BAU du FBI, est victime d’une tentative d’enlèvement et d’agression sexuelle, Sydney demande l’aide d’Isobel et de l’équipe pour traquer un délinquant sexuel méthodique qui ne laisse aucune trace.
Lorsqu’une manifestation chaotique sur un campus vire au drame, l’équipe est appelée pour rétablir l’ordre et retrouver le meurtrier. Pendant ce temps, Jubal s’inquiète lorsque Tyler est arrêté avec un groupe d’étudiants protestataires.
L’équipe doit traquer un tueur en série après la découverte de plusieurs corps de femmes présentant la même apparence physique. Pendant ce temps, Maggie jongle entre son rôle de tutrice d’Ella et celui d’agente du FBI.
Après qu’un garde forestier est abattu par un assaillant masqué sur Governors Island, l’équipe découvre une série de crimes liés qui les mène à leur plus gros obstacle : une communauté de conspirationnistes en ligne.
Après qu’un braquage de cargaison coûte la vie à trois agents des douanes, l’équipe fait appel à Clay, un ancien camarade militaire d’OA, pour déterminer s’il s’agit d’un coup monté de l’intérieur.
L’enquête sur la mort d’un procureur adjoint des États-Unis conduit l’équipe à un scandale lié à un lanceur d’alerte dans l’aviation. Alors que le temps presse, ils risquent tout pour empêcher des terroristes de détourner plusieurs vols commerciaux grâce à des systèmes piratés — ramenant à Scola de douloureux souvenirs de son frère décédé le 11 septembre.
Un informateur de longue date de Jubal rapporte des renseignements sur une attaque terroriste imminente de grande ampleur. Mais quand les détails ne collent pas, Jubal doit démêler la vérité auprès d’un homme qui l’a connu à son pire.
Lorsqu’un tireur ouvre le feu dans un centre d’accueil pour sans-abri à Astoria, l’équipe se retrouve sur la piste d’un tueur lié à un cartel mexicain.
Quand l’opération d’infiltration de l’équipe sur un réseau de traite sexuelle tourne mal, ils se lancent à la recherche d’une victime. Pendant ce temps, Maggie collabore avec une opératrice du 911 pour retrouver la jeune fille avant qu’elle ne soit sortie de la ville — ou pire.
Après l’assassinat de deux jurés lors d’un procès de mafia très médiatisé, l’équipe plonge dans une enquête sur le crime organisé. Mais ils découvrent que les jurés n’étaient peut-être pas les véritables cibles. L’affaire devient personnelle pour Scola quand il apprend qu’un de ses anciens instructeurs de l’académie militaire pourrait être impliqué.
Quand un train de passagers est détourné à grande vitesse avec OA et Gemma à bord, désarmés, l’équipe doit reprendre le contrôle face à des preneurs d’otages instables et éviter une catastrophe.
Alors que Maggie et l’équipe traquent le nouveau tueur en série de New York, la méthode de copie utilisée force Maggie à demander de l’aide à Ray Distefano, le tueur en série qu’elle avait autrefois mis derrière les barreaux.
Lorsqu’un agent du FBI sous couverture est tué, l’équipe découvre que plusieurs identités d’agents infiltrés ont été compromises, dont celle de Maggie, qui travaillait auprès d’un groupe éco-terroriste. L’équipe fait appel à l’agente Dani Rhodes, dont la couverture a également été révélée, pour sauver leurs vies et découvrir l’auteur de la fuite.
Quand un rappeur célèbre et deux fans adolescents sont abattus dans son bus de tournée, l’équipe découvre qu’il y a plus derrière cette affaire que sa rivalité avec un autre rappeur. Pendant ce temps, Isobel franchit une étape importante qui la pousse à réfléchir à son avenir au Bureau.
Après le meurtre brutal de deux femmes au napalm, Maggie et OA sont menés vers un site de rencontres où ils découvrent un groupe d’utilisateurs rancuniers visant les femmes qui les ont rejetés.
Après la disparition d’une fillette dans le Queens, l’équipe découvre que les kidnappeurs l’ont utilisée comme levier pour réaliser un braquage explosif. Pendant ce temps, Scola et Dani tentent de trouver leur équilibre en tant que nouveaux partenaires.
Lorsqu’un PDG est tué par une explosion ciblée dans son penthouse, l’équipe doit déterminer comment quelqu’un a pu accéder à l’immeuble ultra-sécurisé. L’affaire se complique encore quand ils découvrent que le crime pourrait être lié à un programme d’intelligence artificielle. Pendant ce temps, Maggie ralentit sa vie personnelle.
Quand deux agents spéciaux de l’IRS sont poignardés à mort à Brooklyn, l’équipe se retrouve confrontée à la résurgence de la communauté conspirationniste en ligne menée par Duke Ducoyle, un suspect d’une affaire passée.
Après que Jubal échappe de justesse à une attaque calculée contre un bureau secret du FBI, l’équipe découvre qu’un groupe terroriste renégat a infiltré l’agence. Ne sachant plus à qui se fier, ils doivent travailler dans l’ombre pour démasquer les coupables qui menacent l’intégrité du bureau de New York.
