Les agents de l’unité du FBI basée à New York mettent à contribution leurs talents, leur intelligence et leur expertise technique afin d’assurer la sécurité des citoyens de la ville et du pays.
Quand l'explosion d'un bus tue plusieurs innocents, l'équipe se met en branle pour démanteler l'organisation terroriste responsable. Pendant ce temps, Scola tente de concilier son rôle de père et son travail.
Le président de la Fed de New York a été abattu alors qu'il tentait d'aider une jeune femme en danger. L'équipe se lance à la recherche du tueur et de la femme disparue. De plus, un lien troublant avec l'une des affaires passées de Jubal est révélé au cours de l'enquête, aggravant la pression qui pèse sur lui alors qu'il doit également faire face à l'exclusion de son fils de l'école.
Lorsque le propriétaire d'un club local est retrouvé mort, l'équipe s'empresse de trouver le mobile du meurtre d'un homme apparemment innocent. Pendant ce temps, OA s'éprend d'une nouvelle femme, mais craint qu'elle ait de mauvaises fréquentations.
Lorsqu'un juge fédéral est abattu en plein jour, l'équipe se lance à la recherche d'un suspect ayant des liens avec un centre islamique local. De plus, Maggie retrouve une ancienne collègue tandis que les choses deviennent tendues entre OA et sa petite amie Gemma à la suite du décès de son amie.
Lorsque le directeur d'un centre pour migrants de Brooklyn est enlevé et retenu en otage avec sa femme, l'équipe doit travailler rapidement pour répondre aux exigences de leur ravisseur. Par ailleurs, Maggie interroge Jessica sur la maternité.
Après que plusieurs personnes ont été ciblées et tuées avec un gaz toxique en plein jour, l'équipe se lance à la recherche du tueur, qu'elle croit lié à un complot éco-terroriste. Pendant ce temps, Maggie continue d'explorer la maternité.
Lorsqu'un attentat à la bombe dans un restaurant local fait plusieurs blessés ou morts, dont une députée et un proche d'Isobel, l'équipe se précipite pour appréhender le suspect avant qu'un autre explosif ne se déclenche.
Après qu'un employé de l'armée américaine a été abattu dans un parc industriel, l'équipe s'efforce de retrouver le tueur, ce qui permet de mettre en lumière un complot plus vaste. Pendant ce temps, Tiffany continue de faire face à la culpabilité qu'elle ressent suite à la mort de Hobbs.
Lorsqu'un agent du FBI à la retraite est torturé et tué alors qu'il travaillait dans le domaine de la sécurité, Scola et Nina se font passer pour un couple marié très impliqué dans le jeu des diamants, tandis que l'équipe tente de découvrir le responsable. Au cours de cette dangereuse mission, Scola et Nina sont tourmentés par la possibilité que leur fils Doug se retrouve sans parents. Fin d'un crossover qui a commencé dans FBI Most Wanted S05E08.
Après qu'un agent de sécurité de la FDIC a été tué alors qu'il s'occupait d'une femme enceinte en détresse, l'équipe cherche à localiser la femme et le tueur qui l'a prise en otage. Pendant ce temps, OA et Isobel s'inquiètent pour Maggie qui doit s'occuper d'Ella.
L'équipe est plongée dans une affaire hautement politique après que quatre membres des Talibans ont été abattus et qu'un autre a été kidnappé à New York sans aucune trace de leur entrée dans le pays. Ayant servi dans l'armée américaine, cette affaire touche de près OA, qui a du mal à s'ouvrir à Gemma sur son passé en Afghanistan.
Lorsqu'un chauffeur de camion est assassiné et que la drogue qu'il transportait disparaît, l'équipe se lance à la recherche de ceux qui sont à l'origine du lot restant qui fait déjà des ravages dans les rues de New York. Pendant ce temps, Jubal se retrouve au cœur de l'affaire lorsque le suspect identifié est un de ses proches.
Le groupe terroriste somalien à l'origine de la mort de l'agent Hobbs refait surface, entraînant l'équipe dans une course-poursuite pour l'éradiquer définitivement.
