Leonardo da Vinci est un génie excentrique qui a lutté pour faire face à ses démons intérieurs et imagination indisciplinés, comme il aspire à l'acceptation de son père inconnu. Leur relation parfois antagoniste se traduit par Leonardo travaillant pour la Maison de Médicis. Alors que là, il devient impliqué dans un régime politique de contrôler Florence, comme il chasse pour un espion qui est révélateur d'informations à l'Église catholique et la famille Pazzi. Il commence aussi une liaison avec Lucrezia Donati qui est la maîtresse de Lorenzo de Médicis.