Hellboy, l'agent le plus coriace du Bureau de Défense et Recherches Paranormales, est de retour pour une nouvelle mission secrète... Une terrible menace plane sur notre univers depuis que Nuada, Prince de l'Invisible, a brisé le pacte qui liait l'humanité aux Fils de la Terre. Après plusieurs siècles de soumission à l'Homme, l'anarchique Nuada a décidé de réveiller ses armées mortifères et de rendre la liberté à toutes les créatures fantastiques. Hellboy préfèrerait consacrer son temps à sa petite amie pyrokinétique Liz et à leur vaste ménagerie féline. Mais lui seul est de taille à sauver la Terre de la destruction. Héros incompris, écartelé entre deux mondes qui le rejettent, il devra choisir entre la vie qu'il connaît et une destinée mystérieuse et irrésistiblement attirante...