La Bat-famille revient dans le présent et découvre que le Japon a disparu et qu'une île géante appelée "Hinomoto" est apparue dans le ciel de Gotham City. À son sommet se trouve la Ligue des Yakuza, un groupe d'individus sans foi ni loi qui ressemble étrangement à la Ligue des Justiciers. Batman et ses alliés devront sauver Gotham au péril de leur vie !