En décembre 2104, la navette Covenant est au cœur d’une mission de colonisation dans l’espace. À son bord, 15 personnes, un androïde à la fine pointe de la technologie et une multitude d’embryons humains conservés en cryogénie. Lorsque l’équipage découvre par hasard une planète cachée, vraisemblablement hospitalière et habitable, le nouveau commandant du vaisseau propose d’envoyer quelques membres de son équipage en mission de reconnaissance des lieux. Cette décision lui attire les foudres de certaines personnes qui craignent que l’équipage soit exposé à de graves dangers encore inconnus.